Selon les directives officielles, l'ENESAD doit former des ingénieurs dans les secteurs des sciences et techniques agronomiques et agroalimentaires et de l’économie ainsi que dans les sciences et techniques de l’éducation, de la formation et de la communication.
Elle forme parallèlement des ingénieurs de l'ENESAD et des ingénieurs du GREF.
L'ENESAD est une école qui adopte un point de vue à la fois théorique et pratique sur le savoir agronomique. Chaque module théorique est poursuivi en même temps qu'un stage de perfectionnement.
Pour le concours de première année : Classe préparatoire BCPST ou TB, Licence II ou III, BTS/BTSA/DUT, Bac+2 Scientique.
Pour le concours de deuxième année : Master I.
La formation dure trois ans.
Les cours ont pour finalité de permettre la résolution des problèmes quotidiens de l'ingénieur : Production et exploitation agricole, Industries agro-alimentaires, approfondissement professionnel. Autant des domaines qui couvrent les champs d'application des ingénieurs de l'ENESAD.
Les projets sur le terrain familiarisent les élèves avec la connaissance des métiers et des filières professionnelles. Ils en réalisent deux à trois par an avec rédaction d'un compte-rendu par la suite.
Les stages se font en immersion totale. Ils sont directement reliés aux enseignements dispensés en cours et permettent aux étudiants d'actualiser leurs connaissances en fonction des exigences du monde professionnel.
En troisième année, les étudiants doivent choisir une spécialité.
Ce sont les enseignements à option qui leur permettent d'approfondir un domaine de compétence. Ils doivent avoir été en mesure de préciser suffisament leurs ambitions professionnelles auparavant.
Dans l'Établissement National d’Enseignement Supérieur Agronomique de Dijon et à l'extérieur pour les stages.
L'ENESAD prépare aux concours de l'INRA et du CNRS.