Lors de la combustion du carbone dans le dioxygène, les réactifs, carbone et dioxygène, sont consommés tandis qu’un produit apparaît, le dioxyde de carbone.
L’utilisation des modèles moléculaires ne peut expliquer la formation des produits à partir des réactifs consommées.
Un autre modèle est donc nécessaire pour comprendre les transformations chimiques.
Il faut attendre 1810 environ et les travaux du Chimiste Avogadro pour que la distinction entre « atomes » et « molécules » soit faite : les molécules sont elles-mêmes constituées de particules infiniment plus petites qu’elles : les atomes.